1988. június 5-én a megalakulásában, illetve későbbi működésében a rendszerváltoztatás minden ellentmondását magában hordozó Történelmi Igazságtétel Bizottsága Nagy Imre és mártírtársai kivégzésének 30-ik évfordulója előtt néhány nappal felhívással fordult a magyar társadalomhoz. A Bizottság ötletének felvetője, Kozák Gyula 1988 márciusában készített első tervezetében a forradalom vezető gárdájaként a reformkommunistákat jelölte meg, a megalakulás, illetve a felhívás végleges szövegének elkészítése érdekében lezajlott egyeztetések során viszont hamar egyértelművé vált, hogy a reformkommunista megnevezés koránt sem fedheti le az 1956-os események résztvevőinek teljes spektrumát. Az ügy érdekében való konszenzusra törekvés jelének tekinthető, hogy a végleges szöveg Fónay Jenő és Eörsi István közös munkájaként készült el. A Bizottság megalakulását kezdeményező Vásárhelyi Miklós, Litván György, és Hegedűs B. András mellett, az  aláírok között a kivégzettek hozzátartozóit Nagy Erzsébet, Gyenes Judit, Haraszti Mária, Szilágyi Józsefné, Halda Alíz, a fegyveres és politikai ellenállást Fónay Jenő, Obersovszky Gyula, Hegedűs László, Mécs Imre, Erdélyi Tibor, a munkástanácsokat Dénes János, Rácz Sándor, Nagy Elek, a Bibó-pert Göncz Árpád és Regéczy-Nagy László, a recskieket Pártay Tivadar és Zimányi Tibor,  a bebörtönzött az írókat, művészeket  Fekete Gyula, Darvas Iván Mensáros László, az 56-os fiatalságot Szabó Miklós és Ungváry Rudolf képviselte.

A Felhívás követelte a megtorlás áldozatainak teljes erkölcsi, politikai és jogi rehabilitációját, a kivégzettek méltó eltemetését, egy nemzeti emlékmű felállítását, az állások betöltésénél, illetve a nyugdíj-megállapításoknál alkalmazott hátrányos megkülönböztetés, és a „fedhetetlenség” törvényileg nem szabályozott intézménye eltörlését, az útlevéltilalmak megszűntetését, az 1947-től kezdődő történelmi korszak törvénytelenségeinek, valamint a forradalom és a megtorlás tárgyilagos, sokoldalú, a még zárolt levéltári források segítségével való feltárását.

A Felhívásról természetesen hallgatott a hazai sajtó, és megjelenését követően a Politikai Bizottság 1988. június 14-i jegyzőkönyve szerint Fejti György és Grósz Károly a kialakuló helyzet kezelésére következő stratégiát ajánlották: „No, most itthon […] is […] valami megemlékezés készül. Ennek koordinálására egy úgynevezett Történelmi Igazságtétel Bizottság alakult. […] Szóval én a következőt ajánlom: elvileg most fogadjuk el, hogy a kegyeleti megemlékezésnek nem gördítünk technikai és adminisztratív akadályt. Ugyanakkor a szervezőknek világosan tudtára kell adni, hogy ha rendszerellenes politikai tüntetéssé válik, akkor erőszakot alkalmazunk.” A június 16-i 301-es parcellában zajló megemlékezést valóban nem zavarta meg a rendőrség, ám a Hősök terén, a Batthyány örökmécsesnél, és a Vörömarty téren ismét erőszakba torkoltak az események.

Grósz Károly júliusi amerikai nyilatkozata után a Történelmi Igazságtétel Bizottsága augusztusi, második felhívásában követelésként fogalmazta meg, hogy Nagy Imre és társai eltemetésének lehetővé tétele, illetve az 1956-os elítéltek joghátrányainak megszüntetésére készülő jogszabály megalkotásával párhuzamosan a hatóságok hozzák nyilvánosságra az 1956 utáni politikai perek nyomán kivégzettek és az őrizetükben meghaltak teljes névsorát, és jelöljék meg a sírokat a rákoskeresztúri köztemető 301-es parcellájában, valamint a vidéki temetőkben. Ezzel egyidejűleg pedig tegyék lehetővé a hozzátartozóknak a holtak kétséget kizáró azonosítását, és a hamvak méltó eltemetését. A jogi, kegyeleti és történeti szekció létrehozásával a Bizottság kinyilvánította azt a hármas feladatkört is, melyek képviseletét a későbbiekben vállalni igyekezett.  

1988. szeptember 7-én a kormány javaslatot tett a forradalomban résztvevők közkegyelemben való részesítésére, majd szeptember 30-án az Elnöki Tanács kegyelmet adott az 1956. október 23. és 1957. május 1. között elitélt személyeknek. 1988. november 24-én Grósz Károlyt Németh Miklós váltotta fel a miniszterelnöki székben, és november 29-én a Politikai Bizottság határozatot hozott az „ellenforradalmi események kapcsán politikai bűncselekmények miatt elítélt és kivégzett személyekkel kapcsolatos kegyeleti kérdések rendezéséről.” E döntés nyomán lehetővé vált a kivégzettek holttesteinek felkutatása, azonosítása és méltó eltemetésének megszervezése is.

Az 1988. október 23-i megemlékezések idején azonban már felszínre kerültek a Történelmi Igazságtétel Bizottságán belüli egyes véleménykülönbség. Fónay Jenő a forradalomban részt vett egyszerű emberek, munkások jelenlétét hiányolta, és Zimányi Tiborral együtt a Bizottság kiszélesítését és új tagok felvételét javasolta. Nézeteltérés támadt továbbá a Bizottság és a radikálisabb ellenzéki szervezetek, a párttá alakult Fidesz és a Szabad Kezdeményezések Hálózata tagjai között az októberi megemlékezéseken való részvételek mikéntjével kapcsolatban is. Ám a véleménykülönbségek fókuszában elsősorban a hatalom képviselőivel való egyeztetés, illetve a kívánt eredmények elérése érdekében a hatalom elvárásaihoz és feltételeihez való igazodás mértékének megítélése állt. A Bizottságot vezető személyiségek Vásárhelyi Miklós, Litván György és Hegedűs B. András Nagy Imre és mártírtársainak méltó módon való eltemetése, illetve a 301-es parcellában készítendő emlékmű megszületése érdekében folyamatosan egyeztetett a kormány képviselőivel, és velük egyetértésben egy viszonylag szűk körű, néhány ezer ember jelenlétével lebonyolítható temetői szertartásban gondolkodott. A Fidesz és a párttá alakult Szabad Demokraták Szövetsége viszont közterületen, a Hősök terén, vagy a Kossuth téren tartandó megemlékezést szorgalmazta.

Bár a 1989. június 16-án a Hősök terén lezajlott ünnepélyes szertartás látszólag egy újjászülető nemzet egységének képét mutatta, a kormány képviseletében részvevő koszorúzók látványa sokakban már akkor egy nem kívánatos politikai kontinuitás lehetőségének érzetét keltette. Nem véletlen tehát, hogy miután az MSZMP a  Történelmi Igazságtétel Bizottsága vezetősége együttműködését látva az állambiztonsági szolgálatok apparátusának felhasználásával a „nemzeti megbékélés” jegyében igyekezett továbbra is irányítása alatt tartani az eseményeket, a még regnáló rezsim és az új politikai átalakulás közötti cezúra felmutatása érdekében Orbán Viktor – a beszédet tartók közül egyedül – az oroszok csapatok kivonulásának megkezdését követelte.

Az 1989 őszétől rohamtempóban átalakuló események gyorsan felszínre hozták a Történelmi Igazságtétel Bizottsága belső ellentmondásait is. Az eredetileg szűkkörű, elitista formációt a  kezdeményezők visszaemlékezései szerint egy olyan „vének tanácsának” képzelték el, amely elsősorban 1956-os szerepvállalása, illetve az általa vallott 56-os értékek képviselete okán véleményt nyilvánít, illetve tanácsot ad az 1956-os eseményeket, annak következményeit, utóéletét, megítélést érintő politikai, közéleti, és történeti kérdésekben. Ennek érdekében hozták létre az 1956-os forradalom és szabadságharc, illetve azt követő megtorlás eseményeinek feltárására vállalkozó 56-os Intézetet, néhányuk pedig különböző pártok képviseletében a parlamentbe is bekerült. A deklarált hármas szerepvállalás – jogi, kegyeleti, történeti – azonban a továbbiakban nem volt tartható a Bizottság kereteinek kiszélesítése nélkül, viszont az 1989 őszén létrejött katonai és az 1990 őszén megalakult 56-os szekció tagjainak véleménye az 56-os események történetének, a rehabilitáció és a kárpótlás menetének, mértékének, illetve a felelősségre vonások jogi lehetőségeinek tekintetében is markánsan elütött az „alapító atyákétól”. A kárpótlás elhúzódó és elégtelen módja, a visszamenőleges igazságszolgálatást szorgalmazó Zétényi–Takács törvénytervezet Alkotmánybíróság által való elutasítása, illetve a Bizottság vezetésének „antidemokratikus” formái következtében a tagsága végül szembefordult az elnökségben helyet foglaló „alapító atyákkal”. A hónapokig elhúzódó szervezeti válság az elnökség és az alapítók nagy részének (Vásárhelyi Miklós, Litván György, Hegedűs B. András, Hegedűs László, Mécs Imre, Pomogács Béla stb.) kiválásával zárult. Az Elnökség vezetőjének Zimányi Tibort választották meg, ám a következő években több személyi és strukturális átalakuláson is keresztül ment Bizottság elsősorban a vezetőség és tagok elöregedése következtében egyre kisebb érdekérvényesítő képességgel rendelkezett. Regéczy Nagy László 2013-ban mondott szavai szerint: „A forradalom idején életerős és tettre kész emberek voltak, mára aggastyánok lettek. Én vagyok egyedül hadra fogható a TIB-ben. Sok szervezeti tagnak már csak arra van ereje koránál és egészségi állapotánál fogva, hogy befizesse az évi ezer forintos tagdíjat. Már a különböző tisztségekre is csak nagyon keservesen találunk embert. Kértem, ha lejár a megbízatásom, jelöljenek velem szemben valakit. Ha mindenkinek megfelel az illető, megnyugodva távozom. De nem jön senki.”

Büky Orsolya